神功元年(公元697年)闰十月，68岁的狄仁杰入为鸾台侍郎、同平章事，第二次拜相。武周晚期，酷吏尽诛，政治宽松，狄仁杰抓紧干了一件大事，从而延续大唐国运。其实，当时劝武则天还政李唐的大臣不少，但后世都说是狄仁杰“一语兴唐”。
娄公盛德
在狄仁杰这次入相前，宰相娄师德曾多次给武则天上表推荐他。
娄师德与狄仁杰同龄，他二十岁进士及第，狄仁杰快三十岁明经及第，二人此前在官场上唯一的交集，应该是公元697年六月，武则天派武懿宗、娄师德、狄仁杰分道安抚河北诸州。或许正是在这次共事的过程中，娄师德发现狄仁杰不当宰相太可惜，于是他频频上表，力荐狄仁杰。
史料中说狄仁杰入相后颇为轻视娄师德，屡屡排挤他到外地，武则天有所察觉，就找狄仁杰谈心。“师德贤乎？”“为将能谨守边陲，贤则臣不知。”“师德知人乎？”“臣尝同僚，未闻其知人也。”娄师德擅长打仗，唐高宗曾称赞他文武兼备，狄仁杰对此有所了解，因而推荐他去守边关。至于娄师德是否贤或知人，狄仁杰不知道也正常，毕竟二人共事时间太短，娄师德又藏得太深。《朝野佥载》里说，娄师德“外愚而内敏，表晦而里明”，让人看不透，正是娄师德的高明之处。
狄仁杰未必有意排挤娄师德，但他轻视娄师德的可能性极大。娄师德又高又黑，大半生奋战边关，到了晚年，肥胖，跛脚，走路磨磨蹭蹭，被同事骂“乡巴佬”，他还笑着说：“我不当乡巴佬谁当？”弟弟外出做官，他教弟弟唾面自干：别人把口水吐到你脸上，你擦都不要擦，要任其自行风干。如此外表、言行，难免给人留下窝囊、平庸、没骨气的印象，狄仁杰很可能因此轻视他。
武则天说，“朕之知卿，乃师德所荐”，并命左右取出十许通荐表让狄仁杰看。狄仁杰震惊了，出来后叹道：“娄公盛德！原来他包涵宽容我很久了，他这样的宽容我真是比不上。”
社稷之臣
这时的狄仁杰已是“老臣”，不再像从前那样犯颜直谏，动辄气得皇帝变脸，他现在处事十分从容，说啥都不慌不忙的。
武则天比狄仁杰大六岁，已是年逾古稀，选谁继任皇位，成了她最大的难题。一边是两个儿子(李显、李旦)，一边是两个侄子(武承嗣、武三思)，武则天举棋不定。前来游说的公卿、百姓(比如洛阳人王庆之)一个接一个，武则天总是“意未决”。
狄仁杰这位老臣，却常常不慌不忙地对武则天打“感情牌”：“太宗文皇帝栉风沐雨，亲冒刀刃箭镞平定天下，传于子孙。高宗将两个儿子托付给陛下，陛下现在却想将国家移交给外姓，岂不是违背天意？”
说到这儿，他开始戳女皇的软肋：“姑侄与母子相比，您说哪个更亲？您要是立儿子，则千秋万岁之后，您配享太庙，承继无穷；要是立侄子，可没听说过侄子当了皇帝还祔祭姑姑于太庙的。”
武则天听得心烦意乱，搪塞道：“这是朕家里的事，你不要参与。”狄仁杰依旧才思敏捷：“王者以四海为家，四海之内，什么事不是陛下家里的事？君主是元首，臣下为四肢，君臣就是一个整体，何况我还凑数当着宰相，哪能不参与呢？”这话听多了，武则天渐渐动摇。
狄仁杰向来不信鬼神，为此竟也会解梦了。一次，武则天梦见“大鹦鹉两翼皆折”，狄仁杰马上说：“武是陛下的姓，两翼是两个儿子，陛下起二子，则两翼振矣！”武则天还梦见下双陆棋总是输，狄仁杰又来解梦：“双陆不胜，是因宫中无太子，这是上天之意，借此告诉陛下，储君之位空的时间太长啦！”
之前契丹反唐，就喊“何不归我庐陵王”的口号，武则天一直耿耿于怀，这下她终于想通了。圣历元年(公元698年)三月末，她让庐陵王李显回到神都洛阳。
那天，武则天“召见仁杰语庐陵事”，狄仁杰说着说着老泪纵横。武则天命人拉开帷帐，让庐陵王出来，说“还尔太子”，然后抚着狄仁杰的背叹道：“卿非朕之臣，是唐社稷之臣！”
挂帅出征
这年八月，突厥反唐，找的借口冠冕堂皇：“我突厥世受李氏恩，闻李氏尽灭，唯两儿在，我今将兵辅立之。”九月十五，李显被立为皇太子。武则天命太子为河北道元帅，名正言顺地讨伐突厥。之前招兵，月余不满千人，听说太子为元帅，“北邙山头皆兵满”。
李显这么弱，怎么领兵打仗？武则天自有办法，她让狄仁杰当副元帅，主持元帅事务，出征那天，女皇亲自为狄公送行。
当初狄仁杰当魏州刺史，让百姓都回家种田，自己一人抵挡契丹，结果契丹吓得根本没来。这回，突厥直接跑了，狄仁杰带领十万大军，连个影子都没追上。
